Née 2 avril 1566 à Florence, dans la noble famille florentine de Geri de Pazzi.

Le 3 avril, elle est baptisée et reçoit comme patronne sainte Catherine qu’elle aimera beaucoup ; mais en famille on l’appellera couramment Lucrezia, nom de sa grand-mère paternelle.

Dès son plus jeune âge, elle sentit le désir d’une rencontre intime avec Dieu.

À l’âge de 16 ans, en 1582, elle entre au Monastère Sainte-Marie-des-Anges et prend le nom de Marie-Madeleine.

Le 30 janvier 1583, elle reçoit l’habit carmélitain et prend le nom de Sœur Marie Madeleine.

Dans les premières années de sa vie monastique, elle fut frappée d’une maladie qui l’empêchait de s’allonger, à tel point qu’elle prononça les vœux, assise sur un lit, délibérément placé devant l’autel de la Vierge.

A partir de ce moment, elle connaît une période mystique si intense que ses sœurs notent et recueillent plusieurs volumes de manuscrits, dont Les « 40 Jours » daté de 1584, « Les Colloques, et Révélations » de 1585.

Dans ses récits, Marie-Madeleine nous exhorte à rendre la pareille à l’amour du Christ pour l’homme, attesté dans sa Passion.

A partir de 1586, cependant, elle éprouve une forte souffrance intérieure : privée du sentiment de la grâce, elle se sent comme "Daniel dans la fosse aux lions", déchirée entre les épreuves et les tentations qui seront ensuite décrites dans le volume « Epreuves ».

C’est précisément en cette période difficile de sa vie que Marie-Madeleine ressent le besoin de s’engager dans le renouveau de l’Église amorcé au Concile de Trente. La religieuse écrit donc plusieurs lettres au Pape Sixte V, aux cardinaux, aux archevêques, insistant sur la nécessité de la "rénovation de l’Eglise", également pour lutter contre la "tiédeur" de tant de baptisés.

En 1590, la période sombre de Marie-Madeleine se termine et, avec de nouvelles énergies, elle décide de se consacrer à la formation des novices, devenant leur point de référence.
« Venez et aimez l’Amour !» demande-t-elle à ses consœurs, les exhortant à répandre l’annonce de l’amour de Dieu pour toute créature.

Peu de temps après, cependant, elle tomba gravement malade de la tuberculose : trois ans durant, elle endura des souffrances atroces qui la forcèrent à se retirer de la vie active de la communauté et à s’immerger totalement dans la « souffrance nue », pour l’amour de Dieu.

Sa mort survint le 25 mai 1607, à l’âge de 41 ans seulement.

Le 8 mai 1626, le Pape Urbain VIII la proclame bienheureuse.

Le 28 avril 1669, le Pape Clément IX la canonise.

Sa dépouille vénérée, toujours intacte, repose aujourd’hui dans le nouveau monastère qui lui est dédié aux environs de la ville de Florence.