Pierre Favre naît en Savoie en 1506, au village du Villaret ; c’est là qu’il grandit gardant les troupeaux de ses parents.

A partir de 1525, il vient étudier à Paris où il a comme compagnons de chambre François-Xavier et Ignace de Loyola ; celui-ci se l’adjoindra comme le premier de tous ses compagnons.

En 1530, Favre est bachelier en arts et poursuit une licence en théologie.

En 1534, il fait les Exercices spirituels sous la direction d'Ignace de Loyola et pénètre si profondément dans cette voie vers Dieu que, plus tard, Ignace de Loyola le considérera comme celui qui les donne le mieux.

Ordonné prêtre le 30 mai 1534, il est le premier prêtre de la Compagnie de Jésus et sera l’un des théologiens envoyés au Concile de Trente.

Le 15 août 1534, le groupe des sept « Amis dans le Seigneur » rassemblés par Ignace monte à la chapelle Saint-Denis à Montmartre pour se consacrer à Dieu par les vœux de pauvreté et de chasteté, c’est Pierre Favre, tout juste ordonné prêtre qui célèbre la messe et reçoit leur engagement religieux et apostolique.

 Peu après, il remplace également Ignace à la tête du groupe lorsque ce dernier doit retourner dans son pays natal pour des raisons de santé.

En janvier 1537, tous les « Amis dans le Seigneur » (qui sont alors au nombre de onze) se retrouvent avec Ignace à Venise. Ceux qui sont prêts y sont ordonnés prêtres.

Le séjour à Venise, avec une aide portée aux malades des hôpitaux des villes avoisinantes, est la dernière préparation spirituelle avant de se rendre à Rome pour se placer au service de l'Église et du pape.

En 1538 à Rome, Pierre Favre enseigne la théologie à l'université La Sapienza tout en préparant avec les autres, le projet de fondation de la Compagnie de Jésus qui sera approuvé le 27 septembre 1540 par le pape Paul III  

En 1540, Favre commence, sur la demande du pape, une vie itinérante missionnaire, parcourant plusieurs pays d'Europe et travaillant au renouvellement spirituel et à la réforme du catholicisme. Il est d’abord à Parme où durant 18 mois il donne les Exercices spirituels et réforme plusieurs couvents et monastères.

Puis Le pape l’envoie ensuite aux colloques de Worms et Ratisbonne, en Allemagne. Les contacts avec les protestants n'étaient pas encore rompus : on espérait y trouver un accord qui éviterait le schisme. Le colloque fut un échec mais le séjour de Favre en Allemagne lui ouvrit les yeux : l'ignorance religieuse du peuple chrétien et l'immoralité du clergé étaient les causes principales du progrès du protestantisme.

En 1545, En Espagne, il fonde des communautés jésuites à Valladolid et Alcala ; mais ces voyages incessants minent sa santé.

Rappelé à Rome pour s'y préparer à participer comme légat du pape au concile de Trente, Pierre Favre s’éteint épuisé le 1^er août 1546 dans les bras même d'Ignace de Loyola.

Son corps reposait depuis dans la crypte de l'église tout près de l'entrée, quand en 1598 l'église a été détruite par une inondation et la dépouille de Pierre Favre a été emportée sans avoir pu être retrouvée.

Il est béatifié par Pie IX en 1872.

Il est canonisé en décembre 2013 par le pape François.